Khi phôi khép mình, một phần túi noãn hoàng được cuốn vào trong cơ thể phôi và tạo thành ống ruột nguyên thủy.

Theo trục đầu–đuôi, ống ruột nguyên thủy gồm ruột trước, ruột giữa và ruột sau.

Nội bì tạo biểu mô và nhu mô tuyến của phần lớn hệ tiêu hóa; một số đoạn ở hai đầu ống tiêu hóa có nguồn gốc ngoại bì.

Trung bì lá tạng bao quanh nội bì ruột tạo mô liên kết, cơ trơn và các thành phần thanh mạc của ống tiêu hóa.

Ruột giữa thông tạm thời với túi noãn hoàng qua ống noãn hoàng, còn gọi là cuống noãn hoàng.

Ruột trước được cấp máu chủ yếu bởi các nhánh của động mạch thân tạng.

Các dẫn xuất của ruột giữa được cấp máu chủ yếu bởi động mạch mạc treo tràng trên.

Ruột sau được cấp máu chủ yếu bởi động mạch mạc treo tràng dưới.

Dạ dày bắt đầu như một đoạn giãn hình thoi của ruột trước.

Bờ lưng phát triển nhanh hơn, tạo nên bờ cong lớn; bờ bụng phát triển chậm hơn, tạo nên bờ cong nhỏ.

Phần ruột trước phía đầu liên quan đến sự hình thành hầu và thực quản; mầm hô hấp phát sinh từ thành bụng của đoạn này.

Vách khí–thực quản chia ruột trước thành phần bụng là ống thanh–khí quản và phần lưng là thực quản.

Vách khí–thực quản không hình thành hoàn toàn có thể để lại đường thông bất thường giữa khí quản và thực quản.

Cơ vân phần trên thực quản liên quan đến trung mô các cung mang; cơ trơn phần dưới phát sinh từ trung bì lá tạng.

Nhìn từ phía đầu phôi, dạ dày quay khoảng 90° theo chiều kim đồng hồ quanh trục dọc.

Mặt trái chuyển ra trước, còn mặt phải chuyển ra sau trong quá trình quay quanh trục dọc.

Do mặt trái dạ dày chuyển ra trước, thần kinh lang thang trái trở thành thân lang thang trước.

Bờ lưng phát triển mạnh tạo bờ cong lớn; bờ bụng phát triển chậm tạo bờ cong nhỏ.

Mạc treo vị lưng kéo dài, tạo mạc nối lớn và tham gia hình thành các dây chằng liên quan với lách.

Mạc treo vị bụng tạo mạc nối nhỏ và dây chằng liềm; gan phát triển nằm trong cấu trúc này.

Ho sặc và tím khi bú gợi ý đường thông giữa thực quản và khí quản, thường do bất thường tạo vách khí–thực quản.

Tá tràng có nguồn gốc kép: phần gần từ ruột trước và phần xa từ ruột giữa.

Phần gần tá tràng thuộc ruột trước nên nhận máu từ thân tạng; phần xa thuộc ruột giữa nên nhận máu từ động mạch mạc treo tràng trên.

Biểu mô tá tràng tăng sinh làm bít lòng tạm thời, sau đó tạo không bào và tái thông.

Nếu quá trình không bào hóa và tái thông không hoàn chỉnh, tá tràng có thể bị hẹp hoặc tịt.

Khi dạ dày và tá tràng quay, tá tràng áp sát thành bụng sau; phần lớn mạc treo của nó dính và thoái triển.

Mầm gan hay túi thừa gan phát sinh từ thành bụng đoạn cuối ruột trước, gần tá tràng.

Các dây tế bào gan phát triển vào vách ngang, nơi cung cấp mô đệm và các thành phần liên kết của gan.

Nội bì mầm gan tạo tế bào gan và biểu mô đường mật; trung bì vách ngang tạo mô liên kết và thành phần nâng đỡ.

Phần lớn, gần của túi thừa gan tạo gan và hệ thống đường mật; phần nhỏ tạo túi mật và ống túi mật.

Phần nhỏ ở phía đuôi của túi thừa gan tạo túi mật và ống túi mật.

Mầm tụy lưng phát sinh từ thành lưng tá tràng và tạo phần lớn nhu mô tụy

Mầm tụy bụng phát sinh gần ống mật và di chuyển cùng ống mật ra phía sau tá tràng.

Mầm tụy bụng tạo mỏm móc và phần dưới đầu tụy; mầm tụy lưng tạo phần còn lại.

Tụy hình vòng hình thành do sự di chuyển bất thường của mầm tụy bụng, làm mô tụy bao quanh tá tràng và có thể gây tắc nghẽn.